I San Diego Padres furono fondati nel corso della terza espansione della Major League Baseball nel 1969. Ma c'era già una squadra di minor league a San Diego nel 1936 chiamata Padres. Padres è spagnolo e commemora i monaci francescani che fondarono la città di San Diego nel 1769.
Guidati da Mr. Padre (Tony Gwynn), non solo fecero i playoff nel 1984, ma si assicurarono anche un'apparizione nelle World Series. Tuttavia, sono stati sconfitti dai Detroit Tigers dopo 5 partite. Nel 1998, hanno raggiunto di nuovo le World Series dopo le vittorie contro gli Astros e i Braves. Ma i Padres non ce l'hanno fatta neanche nel secondo tentativo, hanno incontrato i New York Yankees del 1998, che hanno giocato una stagione eccezionale, e hanno perso 0:4.
Dopo che i Padres hanno dovuto condividere uno stadio per molti decenni, il loro proprio stadio, Petco Park, è stato completato nel 2004. Nel quartiere del centro, si ha una bella vista di parte dello skyline di San Diego. Già sui gradini che portano all'ingresso, si può vedere il monaco con la mazza nei colori della squadra marrone, oro e bianco. Questo logo li ha accompagnati fin dalla loro fondazione, e può ancora essere visto come il logo Alternate come patch laterale sulle maglie Alternate. Il logo SD ad incastro, che serve come logo primario, può essere visto su tutti i cappellini dei giocatori in campo.
Il futuro dei Padres è rappresentato dalle farm teams, El Paso Chihuahuas, San Antonio Missions, Fort Wayne TinCaps e Lake Elsinore Storm.